1.序章 消逝的和平
在另一个遥远的世界，长久以来维持的和平如今宣告结束了。帕拉美奇亚的皇帝从魔界召唤出怪物，妄图征服世界。面对突如其来的强敌，反抗军在菲因城奋起抵抗。然而在帝国军队猛烈的进攻下，菲因城也落陷了。反抗军撤离到边境的小镇阿鲁迪亚继续抵抗。住在菲因的4个年轻人，在帝国军队发动的进攻中失去了他们的双亲。为了逃避帝国军队的血腥屠杀，他们结伴而行，一路逃亡…………
帕拉美奇亚的皇帝从魔界召唤出怪物，帝国军队大肆侵略。
帝国军队猛烈的进攻无人能挡。反抗军苦战中。
2.重生 加入反抗军
逃亡中的主角们最终被帝国军队追上，战斗中4人先后被击败，倒在血泊中失去了知觉……。反抗军的希尔达公主（ヒルダ）在向边境小镇阿鲁迪亚（アルテア）撤退的过程中发现了满身鲜血的几人，把他们救了回来。公主和白魔导士敏武（ミンウ）用魔法阵救了几人的命。主角醒来以后碰到了另两个同伴，女主角告诉他反抗军没能救回她的哥哥，三人都很难过，两位同伴鼓励了她一番叫她不要放弃希望。一行人来到会议室，向公主表达了加入了抵抗军抗击帝国军队的决心。公主最终被3人的决心打动，让他们加入了反抗军，并告诉了他们反抗军接头的暗号——野玫瑰（のばら）。与公主和敏武交谈后得到第一个任务—回菲因城（フイン）探探虚实。
公主和敏武救了主角。女主角的哥哥没能获救，三人都很难过，但还是互相鼓励了一番。
加入反抗军，并记录下联络暗号——野玫瑰（のばら）。主角探望在战斗中受了重伤的菲因国王。
在村子里遇到神偷波尔（ポ-ル）。和卡修恩城的王子哥顿（ゴ-ドン）交谈了解情况。
3.重返菲因 消逝的爱
先在阿鲁迪亚周围提升一下自己的实力，赚点钱购置一些装备，然后主角一行人就向菲因城出发了。菲因城在阿鲁迪亚左上不远的地方，途中还要经过一个小村庄卡迪亚村（ガテア），菲因就在卡迪亚村的对岸。到达菲因后发现这里已经完全被帝国军队占领了。在酒吧里用暗号野玫瑰（のばら）与老板交谈，他会告诉主角他也是反抗军，并为主角打开密道。在密室里主角们见到了卡修恩的王子斯科特（スコット），他在菲因保卫战中受了重伤。他告诉主角们波肯伯爵（ボ-ゲン）出卖了反抗军，所以菲因才会失守。斯科特王子还表达了对希尔达公主的思念和爱，但他不要主角把这些话告诉公主，并把与公主的订婚戒指交给主角，希望公主以后不要再想他，好好的生活下去。说完这话后重伤不治的斯科特王子就牺牲了………
在阿鲁迪亚一定要记得购买回复魔法书（让女主角学习）。卡迪亚村（菲因就在对岸）
菲因城里全是帝国士兵（不要与敌人交谈，会触发战斗）。从这里绕着边走可以去酒吧。
使用反抗军联络暗号野玫瑰（のばら）交谈，老板身后就是密道。重伤不治的斯科特王子牺牲了。
4.出发 找寻传说中的魔法金属米斯里鲁
主角一行人离开菲因回到了阿鲁迪亚（得到戒指后按Select+B可以看大地图）。在会议室，主角把斯科特王子牺牲的事情告诉了公主。大家都很难过。随后公主告诉主角，要他们去找米斯里鲁（ミスリル）金属，因为这种金属打造的武器比一般的武器威力要大，菲因失守反抗军就是输在了武器装备上。获得了关键词米斯里鲁（ミスリル）之后与公主身边的敏武交谈，他会加入队伍，并送给主角独木舟（现在可以在湖泊上自由航行了）。敏武加入以后再与公主交谈，她会告诉你帝国军队正在把飞空艇（ひくうせん）扩建为攻击力巨大的战争武器大战舰（だいせんかん），另外萨拉曼多镇（サラマンド）的约瑟夫（ヨ-ゼフ）大概知道米斯里鲁的位置。主角一行人离开阿鲁迪亚，往右上方走，穿过一个湖泊来到帕鲁姆镇（パルム）。在帕鲁姆镇花32G乘船去波夫特（ポフト）。在波夫特的酒店中遇到施德（シド），他用自己私有的飞空艇来做生意。与他旁边的人交谈，花200G就可以乘坐飞空艇到萨拉曼多镇（サラマンド）了。
把斯科特王子给的戒指拿给公主看会触发剧情。记录关键词魔法金属米斯里鲁（ミスリル）。
与公主身旁的敏武对话，敏武加入队伍并把独木舟送给了主角。现在可以自由穿越湖泊了！
穿越湖泊向东来到帕鲁姆镇（パルム），与这个女人交谈花32G坐船去波夫特（ポフト）。要穿过海洋才能到达。
在波夫特（ポフト）的酒吧碰到喝酒的施德，跟他交谈之后向他身边的仆人交200G就可以坐飞空艇了，它会把你载到萨拉曼多镇（サラマンド）。飞空艇出发啦，真爽！
5.萨拉曼多—没有男人的小镇
主角一行人来到了萨拉曼多镇，这里有强力的武器、防具和新的魔法出售，先把装备换换吧。在镇子里转转发现镇中几乎没有一个男人，打听后才知道镇子里的男人们都被帝国军队强拉到塞美多瀑布洞窟（セミテの泷の洞窟）去了。主角一行人由此推断米斯里鲁金属矿就在塞美多瀑布洞窟里。在镇子右上角的屋子里主角发现了约瑟夫（ヨ-ゼフ）。约瑟夫并不相信主角一行人的反抗军身份，除非主角帮他救出村子里被抓去做苦力的人。于是主角便向塞美多瀑布洞窟出发了。出了萨拉马多镇一直往左走，不一会就看见一条小河，顺着小河向右前进一会就来到塞美多瀑布洞窟了。在洞窟3层救出了萨拉马多镇的镇民，其中还有约瑟夫的女儿和神偷波尔。波尔告诉主角米斯里鲁金属就在洞窟更深的地方。继续向下走，终于在洞窟5层拿到了米斯里鲁金属！再次回到约瑟夫家，约瑟夫感谢主角帮他救出了村民和他女儿，并透露暗黑骑士成为指挥官以后，大战舰的制造速度提高了很多，已经快要完工了！
到了萨拉马多先换一下装备（钱不够就在外面转转，这里的敌人不强，赚钱的同时顺便提升一下自己的实力）。在镇子里转了转，发现这里竟然没有一个男人，交谈中得知男人全都被帝国军队抓去做苦力了。
在镇子右上角的房间里找到约瑟夫，用关键词ミスリル和他交谈可以触发剧情，他要你去救人。离开镇子一直往左走，到这里就下水，然后往右一直顺流而下。
从这里进去就是瀑布洞窟了。在洞窟3F救出一干人等。
洞窟5F的这个宝箱里可以拿瞬移（デレポ，可以脱离迷宫）魔法书，但是宝箱里有个怪物（它害怕冰魔法），会强制战斗。在5F的另一个房间里将遭遇FF2里的第一场BOSS战。
