1993年，任天堂的64位主机计划开始，后来正式命名为N64。
1995年，竞争对手SEGA公布了16位光碟主机Mega CD，任天堂决定与SONY合作为SFC设计光碟机，但任天堂在看到Mega CD的失败的同时，也在担心SONY将来会对自己不利。所以，任天堂果断终止了与SONY的关系并与飞利浦结盟，虽然推出了SFC的光碟机，但并没有得到市场的肯定，而此时，SONY凭借着之前的研究成果，自己的“PlayStation”即将面世。同年任天堂Virtual Boy问世，销量并不理想，而此时SEGA的Saturn（土星）与SONY的PS正快速地侵蚀着任天堂的领地。
缺乏大作支持成为N64失败的最大原因
1996年，N64上市，首发时在日本获得小范围成功，但由于任天堂的固执，在纷纷使用大容量CD作为媒体的背景下，坚持研发大容量卡带，导致软件研究成本偏高，使N64缺乏足够的软件支持，使得主机销量大幅下滑。为此，N64的光碟版“64DD”的研发被提上了日程。
1996年，在掌机方面，任天堂推出了Game Boy的精简版Game Boy Pocket。由于Virtual Boy的惨败，任天堂把责任推到设计者横井军的身上，致使这位为任天堂效力30年的老臣被降职。
1997年，任天堂宣布停止开发16位游戏机后，推出了SFC的简化版，一时间这个业界都是一头雾水。1999年，被多次延期以后，任天堂64DD终于上市。但终究还是在主机大战中惨败。1998年，第一款彩色掌机Game Boy Color在全球全面上市。在Game Boy Color推出前，GB功臣在车祸中不幸逝世。
1999年，任天堂公布了名为“海豚”的新游戏机计划，此主机芯片由IBM制作，这便是后来的NGC。在SONY公司PS2的强大攻势下，任天堂依然没有夺回自己老大的地位。同年，任天堂公布了32位的改进型GB的掌机计划，并将可以向下兼容GB、GBC的游戏。
“最可爱的主机”NGC GBA统治了一个掌机时代
1999年4月14日，任天堂推出了Game Boy Light，为GB的背光版。2001年3月21日，任天堂推出了Game Boy Advance，后来又推出带有背光功能的改良版GBA SP，凭借强大的技能以及优秀的游戏作品在全球热卖，并长期垄断掌机市场，牢牢地捍卫着自己掌机领域的一片江山，也为任天堂东山再起继续了足够的力量。
2002年，年迈的山內溥退休，岩田聪接管公司。同年，任天堂及美籍华人颜维群创立神游科技公司，以iQue品牌负责在中国地区，生产和销售任天堂的产品。
